Метагеномное исследование условий на птицеводческих фермах Народной Республики Бангладеш

Микробиом играет решающую роль в здоровье и продуктивности домашней птицы, влияя на рост, иммунитет и общую экосистему фермы. Исследование, проведенное группой исследователей из Университета Дакки, Сельскохозяйственного университета Газипура и Университета науки и технологий Джашора в Народной Республике Бангладеш, изучало микробное разнообразие, пути устойчивости к антибиотикам и функциональный потенциал в различных экосистемах домашней птицы — мазки, помет, корм, почву и воду — в разных районах Бангладеш.

Используя секвенирование ампликона гена 16S рРНК, исследователи идентифицировали 2745 операционных таксономических единиц (OTU) и проанализировали микробное богатство, структуру сообщества и функциональные пути.

• Данные альфа-разнообразия показали, что помет показал самое высокое микробное богатство (726 OTU в Ноакхали), в то время как образцы корма показали самое низкое разнообразие (211 OTU);
• Анализ бета-разнообразия выявил значительные различия в микробном составе в зависимости от источников образцов, а PERMANOVA подтвердил, что происхождение образца составляло 51,45% изменчивости (p < 0,001);
• В микробных сообществах доминировали протеобактерии (48,36%), за ними следовали Firmicutes (19,83%) и Cyanobacteria (12,02%);
• Были выявлены основные роды, вызывающие беспокойство, такие как Enterobacter (26,62% в мазках с рук), Acinetobacter (30,87% в мазках из клоаки) и Shigella (22,89% в мазках из клоаки), что подчеркивает потенциальные зоонозные риски;
• Напротив, полезные роды, такие как Lactobacillus (36,89% в корме) и Enterococcus (10,78% в помете), были распространены, что предполагает их роль в здоровье кишечника и круговороте питательных веществ;
• Функциональный анализ путей (KEGG) показал, что метаболизм углеводов и аминокислот был высокоактивным в помете и корме, отражая использование питательных веществ;
• Пути устойчивости к противомикробным препаратам, такие как 23S рРНК-метилтрансфераза, были широко распространены, а патогенные роды (Enterobacter, Acinetobacter, Shigella, Pseudomonas) демонстрировали сильную положительную корреляцию с УПП.

Эти результаты подчеркивают влияние факторов окружающей среды на микробное разнообразие и функциональный потенциал в птицеводстве.

Исследование доказывает необходимость улучшения методов управления и мер биобезопасности для снижения рисков, связанных с микробными патогенами и устойчивостью к противомикробным препаратам, что в конечном итоге будет способствовать более здоровому и устойчивому производству птицы.

Источник: aviNews.